С указ № 40 от 12 ноември 1897 г. се постановява разделянето на Флотилията на Дунавска флотилия с щаб в Русе и Морска част с щаб във Варна. Указът е последван от обявяване на Привременно положение за управление на Морската част. В него ръководните функции и отговорности са изцяло на началника на Морската част. За пръв началник на Морската част е назначен капитан II ранг Пол Пишон, шеф на френската военнноморска мисия. На 21 ноември 1897 г. е създадена работилница, където се извършват не само ремонти, но се обучават и технически кадри за флота. Днес неин наследник е КРЗ „Флотски арсенал“.
През 1898 г. е доставен учебният крайцер „Надежда”, построен в Бордо, Франция. Същата година в Русе е завършен и пристига във Варна корабът „Калиакра“. През 1907 – 1908 г. са пуснати на вода шестте закупени от Франция торпедоносци – „Дръзки“, „Смели“, „Храбри“, „Шумни“, „Летящи“ и „Строги“. Формира се 240-мм брегова батарея с две оръдия „Шнайдер“. От Франция са доставени и 240 заградни мини „Соте Арле“ използвани през Първата Балканска и Първата световна война за защита на Варненския бряг.
В началото на XX в. Варненската военноморска база осъществява първите международни морски контакти. Крайцерът „Надежда“ прави 19 плавания до чужди, предимно руски пристанища, а кораби от Руския черноморски флот посещават 8 пъти Варна. Два пъти през 1901 и 1902 г. във Варна гостува и германският военен учебен кораб „Лорелай“.
