На 03 януари 2008 г., около 02:15 ч., м/к „Ванесса” потъва в Азовско море по време на преход от пристанище Бердянск за Бургас, при тежки хидрометеорологични условия. Резултатът е човешки жертви, загуба на кораба и товара.
От 11-те моряци на кораба, сред които един украинец, оцеля само един – Николай Димитров – помощник-капитан, а телата на двама бяха извадени скоро след инцидента.
Три месеца по-късно на брега на Азовско море в Украйна бяха открити телата на изчезналите седем български моряци и украинския пилот Олег Юников.
„Ванесса” застава на кея в пристанище Бердянск, Украйна на 31.12.2007 г., в 18:55 часа. Товарните операции са започнали в 21:30 часа на същия ден. Натоварени са 2935.05 т метали. Товаренето е завършено в 00:30 часа на 02.01.2008 г., а в 11:40 часа корабът се снема от вързала и отплава от пристанище Бердянск.
След преминаване на подходния канал на пристанище Бердянск корабът се отправя към Керченския пролив.
От около 16:00 часа времето започва да се влошава, като скоростта на вятъра от ИСИ се увеличава над 18 м/сек. и височината на вълните над 2 метра, температурата на въздуха –8° С.
Поради засиленото бордово клатене и вибрации около 17:00 часа капитанът е принуден да намали оборотите на главния двигател и скоростта на кораба.
Около 23:30 часа на 02.01.2008 г., когато корабът се намира на 20 морски мили от подхода към Керченския пролив, са усетени два силни тласъка от левия борд.
Към 23:50 часа е установено, че фалшборда на левия борд в района на товарните помещения е откъснат и липсва.
В 23:52 часа капитанът променя курса на кораба, с поворот през левия борд, срещу вълните на 70° и намалява скоростта на около 1.5–2 възела. Кренът на кораба е 1-2° ляв борд.
Извършен е оглед, доколкото е възможно от мостика и от платформата пред настройката, и е установено, че са изкъртени и отдушни тръби на баластни танкове ляв борд.
Капитанът дава нареждане да се провери за наличието на постъпила вода в товарните помещения и баластните танкове ляв борд. Около 00:40 часа сантинната помпа засмуква и изхвърля вода за кратко време само от сантините на товарно помещение № 2. Баластната помпа е включена за осушаване на баластни танкове № 2 и 3 ляв борд.
Кренът на кораба се увеличава до 7° ляв борд.
В 01:04 часа на 03.01.2008 г. кренът на кораба достига 10° ляв борд и се запазва до 01:39 часа. Започва приемането на баласт на самотек в баластни танкове № 3 и 4 десен борд за изправянето на получения наляво крен.
В 01:48 часа е преустановено приемането на баласт на десния борд, за да не се намалява запасната плавателност на кораба.
Около 01:50 часа капитанът заповяда да се подготви спасителния сал на десния борд за напускане на кораба.
В 02:01 часа на 03.01.2008 г. от м/к „Ванесса” е излъчен сигнал за бедствие и капитанът дава заповед на екипажа за напускане на кораба.
Около 02:15 часа на 03.01.2008 г. корабът потъва във водите на Азовско море.
Според окончалния доклад на разследването, съвместното влияние на значителния срок на експлоатация на кораба от 34 години и сложните хидрометеорологични условия, благоприятващи интензивно обледеняване, са причина за гибелта на кораба.
