На 1 април 1956 г. е създадена организацията – неин предшественик – “Управление за поддържане плавателния път и проучване на река Дунав”.
В България метеорологията прохожда в далечната 1866 г., когато започват редовни метеорологични наблюдения в Австрийското консулство в гр. Русе. Пак тук – в рамките на Дунавската флотилия и морска част през 1884 г. когато се създава Хидрометрична станция, за чиято цел е построена специална сграда (Флотската кула).
Две десетилетия по-късно началникът на флотилията капитан І ранг Матей Стойков създава и отпечатва първата българска „Карта на река Дунав от Тимок до Силистра”. Това е българският участък от 845 км. до 375 км.
През 1905 г. е създадена първата ни гражданска хидрографска структура – „Специализирана хидрографна бригада” към Дирекцията за постройките на железниците и пристанищата.
През 30-те г. в Лом започва да функционира „Дунавска измервателна служба” към транспортното министерство. Малко по-късно формированието е преименувано в „Хидрографна служба”.
Краят на Втората световна война променя политическата карта на Европа, а с това и отношението към европейския корабоплавателен път. За обезпечаване на свободно корабоплаване в съответствие с интересите и суверенитета на дунавските държави: България, Унгария, Румъния, СССР, Чехословакия, Украйна, Югославия сключват на 18 август 1948 година в Белград Конвенция за режима на корабоплаване по река Дунав. Тя влиза в сила на 11.05.1949 г.
На 7.01.1960 г. към нея се присъединява и Австрия, а през 1999 г. и Германия.
Съгласно член 3 от Конвенцията всички дунавски държави се задължават да поддържат своите участъци в плавателно състояние, като извършват всички необходими работи за обезпечаване и поддържане условията на корабоплаване. За да отговори на новите изисквания Дунавската измерителна служба изминава дълъг и труден път.
Влиза в структурата на Министерството на народната отбрана (1949 – 1952 г.), за да се включи в разминирането и почистването на река Дунав.
През 1953 – 1955 г., преименувана като „Управление плавателен път” се връща под ведомството на Министерство на транспорта. Това дава възможност на нашата страна да поеме поддържането на половината от българо-румънския участък на реката и да постигне равнопоставеност на участието си в Дунавската комисия.
Недалновидност от страна на Министерство на транспорта в края на 1955 г. свива дейността на „Управление плавателен път” до отдел към Параходство “Българско речно плаване” – град Русе. По този начин България не е в състояние да изпълнява поетите международни задължения за поддържане на плавателния път и проучване на река Дунав. Тогава по предложение на Министерския съвет се пристъпва към проучване опита на крайдунавските страни и структурата на създадените от тях служби за поддържане на корабоплавателния път и изследване режима на река Дунав.
В резултат на това проучване на 1 април 1956 година‚ Министерският съвет приема Постановление № 84‚ с което “Управление плавателен път” се реорганизира в “Управление за поддържане плавателния път и проучване на река Дунав” със седалище град Русе, непосредствено на брега на реката.
Целта е обединяване на дейностите, пръснати до този момент в няколко инстанции и министерства, както следва:
• от Министерството на транспорта – отдел „Плавателен път” при Параходство БРП заедно с целия корабен парк;
• от Министерство на земеделието – хидрометеорологичните станции по р. Дунав – Ново село, Оряхово, Свищов и Силистра;
• от Министерството на народната отбрана – съоръженията за измерване скоростите на течението, водоотчетните станции във Видин и Русе, съоръжения и инвентар от бившата Дунавска хидрографна служба, хидрометеорологичната станция Лом.
По този начин се създава обединеното управление на плавателния път – УППД към Министерството на транспорта, което има за цел „….да осигури непрекъснато изучаване водния режим и рушенето на брега на р. Дунав, събиране данни за хидротехническото строителство и навигационно поддържане на реката и изпълнение на задълженията на нашата страна по Конвенцията и другите международни споразумения за режима на корабоплаване по Дунава…”.
За подобряване и усъвършенстване на специализираната му дейност и имайки предвид съвременния модел на дунавските страни, УППД се трансформира в една от първите изпълнителни агенции в Република България с ПМС № 212/29.11.1999 г. – Изпълнителна агенция за проучване и поддържане на река Дунав.
